Hm, dann muss es was auf der Kiste sein.
Any Software wie Antivirus und Firewall noch am laufen?
Hats im Eventviewer eventuell einen Eintrag mit einem Fehler beim Starten des Services?
Ist der Listenere auf Port 21 auch vorhanden wenn Filezilla nicht gestartet ist?
Gehts auf dem Server selbst (mittels FTP im DOS Fenster)?